Mit ihrer Arbeitsgruppe entwickelt Protzer neue Therapieansätze bei Erkrankungen, die durch das Virus ausgelöst werden. Außerdem ist sie im Bayerischen Forschungsverbund "FOR-COVID" Co-Leiterin eines Projekts zur Erforschung der aktiven und passiven Immunisierung und Analyse der Immunantwort nach Impfung und SARS-CoV-2-Infektion.