Sie war die erste Generalsekretärin des Deutschen Evangelischen Kirchentages, die erste Landesbischöfin der Evangelisch-Lutherischen Landeskirche Hannovers und die erste weibliche Vorsitzende des Rates der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD). Danach lehrte sie als Gastprofessorin in Atlanta (USA) und in Bochum.
Seit 2018 ist Margot Käßmann im Ruhestand und widmet sich vor allem dem Schreiben von Büchern. Daneben engagiert sie sich in verschiedenen sozialen Projekten und gibt monatlich die Zeitschrift "Mitten im Leben" heraus.